1985年參加中國人民武裝員警部隊，參與國家重點戰略項目的研究，並接受專門培訓。1986年進入國務院，擔任中央高級領導健康顧問。
 
1988年轉業，接受深圳大學邀請，創辦人體工程學系，成為人體工程學開派學者。他以傳統中國文化和現代西方科學為基礎，以天、地、人環境為本源，確立了以「三理五要素」為核心的理論體系。
 
李建軍所創立的人體工程學以及豐富的學術成果，引起了西方主流社會和學術界的廣泛關注，很多國家政府機構和學術機構紛紛聘其開設人體工程學課程，並講授東方哲學；多個國家出版社紛紛約稿，翻譯出版他的著作。他融中國傳統文化和現代科學成果寫成《和諧家庭人生指導叢書》，以權威性、系統性、廣泛性、實效性填補了國內外學術研究、生活實踐空白。《中軸》一書首次提出了人體中軸的概念，為古今醫學又一重大發現，具有劃時代意義。
 
2010年九月，在聯合國國際自然醫學養生工程2010年年會上，李建軍榮獲成就獎，《中軸》更被確定為研究會專用書，其英文版也正在出版之中。
 
旅美期間，李建軍全面考察了美國和歐洲、亞洲諸國，著寫了《城市中國》、《城市美國》、《城市歐洲》、《城市亞洲》等系列叢書，從中國哲學的角度，探索中外城市發展思路。近期於人類智庫數位科技股份有限公司出版的《居家風水這樣做好運才會來》、《環境養生這樣做健康跟著來》、《怎樣吃水果身體健康好運來》、《中軸：人體的平衡與健美》、《李建軍 從陰陽五行談健康》、《李建軍 漢字玄機藏密碼》、《居家風水傢俱擺對好運來》、《桃花運桃花劫》、《李建軍傳1 少年李建軍傳奇》、《李建軍傳2 皈依之路》、《李建軍居家風水常識100問》等書，頗受讀者好評。